Trường Trung học Phổ thông chuyên hiện nay bao gồm năm Bộ môn chuyên:

• Bộ môn Chuyên Toán
• Bộ môn Chuyên Tin
• Bộ môn Chuyên Lý
• Bộ môn Chuyên Hóa
• Bộ môn Chuyên Sinh

Mỗi khối chuyên cũ nay là một/hai bộ môn, trực thuộc một khoa tương ứng của trường Đại học Khoa học Tự nhiên.

Mỗi Bộ môn do Chủ nhiệm Bộ môn đứng đầu. Giúp đỡ chủ nhiệm khối Bộ môn có Phó Chủ nhiệm và Văn phòng Bộ môn. Chủ nhiệm Bộ môn có quyền quyết định hầu hết mọi việc tại Bộ môn. Trường Trung học phổ thông chuyên cũng được tổ chức như một trường trung học phổ thông độc lập.

Mỗi năm, trong kỳ học sinh giỏi quốc gia, mỗi Bộ môn chuyên chọn 10 học sinh tham gia với tư cách là đại diện cho Đại học Quốc gia Hà Nội

Ban giám hiệu

Ban giám hiệu của trường gồm hiệu trưởng và bốn hiệu phó là chủ nhiệm / phó chủ nhiệm các khối chuyên trước khi thành lập trường [5].

• Hiệu trưởng: TS. Lê Công Lợi
• Hiệu phó:
  • PGS. TS. Trần Thạch Văn
  • TS. Đặng Đình Tới
  • TS. Phạm Văn Quốc
  • TS. Vi Anh Tuấn